La Iglesia episcopal fue parte de la comunión anglicana, organizándose formalmente en Filadelfia en 1789 como sucesora de la Iglesia anglicana en las colonias americanas. En asuntos de doctrina, adoración y ministerio, esta iglesia procede de la anglicana y se ha mantenido asociada con ella. Su historia comienza con los primeros asentamientos ingleses en Jamestown en 1607 y a medida que los colonos llegaban la iglesia crecía, siendo la establecida en varias colonias. Sin embargo, su difusión estaba limitada porque ningún obispo había sido enviado a las colonias y sólo los obispos pueden ordenar y confirmar a las iglesias miembros. Cuando la Guerra de Independencia Americana estalló en 1775, había unas 300 iglesias anglicanas en las 13 colonias. La Iglesia sufrió persecución y declive en membresía durante la Revolución, porque todos los clérigos habían hecho un juramento de fidelidad a la corona británica en el momento de ser ordenados y bastantes eran lealistas, viéndose obligados a huir a Inglaterra o Canadá. Pero hubo otros que apoyaron la Revolución, proponiendo William White, capellán del Congreso Continental, que las congregaciones se constituyeran en una iglesia americana que continuaría el legado espiritual de la Iglesia anglicana pero separada de ella. Las antiguas propiedades de la Iglesia anglicana fueron reclamadas por la nueva iglesia, realizándose convenciones en 1784-85 que elaboraron un borrador de la constitución y del Libro de Oración. En 1787 los obispos ingleses consagraron a White como obispo de Pensilvania y a Samuel Provoost como obispo de Nueva York.
El Movimiento de Oxford en la Iglesia anglicana, que recalcaba la herencia católico romana de la iglesia (Alta Iglesia), llegó a influir en la Iglesia episcopal protestante en 1840. Aunque enriqueció los servicios de adoración y la disciplina espiritual, causó considerable controversia, porque muchos episcopales prefirieron enfatizar la herencia protestante (Baja Iglesia). En los últimos años, la promoción de la teología liberal, el evangelio social y el movimiento ecuménico, han incrementado las tensiones entre la Alta y la Baja Iglesia.
La Iglesia heredó su cuerpo doctrinal de la Iglesia anglicana, si bien no aplica las declaraciones doctrinales como rígidas confesiones. Acepta los credos apostólico y niceno, y su Libro de Oración como declaraciones de su posición doctrinal. Los Treinta y Nueve Artículos de la Iglesia anglicana, adaptados a las circunstancias americanas, son parte del Libro de Oración y de la doctrina oficial, pero no se exige su aceptación formal ni al clero ni a los laicos.
En la organización de la iglesia, cada parroquia que se autofinancia elige a su junta gobernante para asuntos temporales y a su rector como dirigente espiritual. Las congregaciones que no son autónomas (misiones) son dirigidas por el obispo de la zona. En una determinada zona, las parroquias y obispos constituyen una diócesis, encabezada por un obispo. La primera mujer obispo fue elegida para la diócesis de Massachusetts en 1988.
