Confederación Baja Sajonia es el nombre de una federación de
iglesias reformadas en la Baja Sajonia que existió en Alemania. Fue el único organismo en esa nación en la que el sistema
presbiteriano se desarrolló plenamente. En Hanover electoral, especialmente en las ciudades de Celle, Lüneburg, Hameln y Hanover, los fugitivos
hugonotes fueron recibidos y formaron
congregaciones, así como en los territorios de Schaumburg-Lippe y Brunswick. El 13 de noviembre de 1699 se decidió establecer en Hanover una unión más estrecha entre esos miembros dispersos de la Iglesia reformada. Los cuerpos reformados alemanes en Hanover, Celle y Bückeburg se unieron en confederación. Los gobiernos de Brunswick-Lüneburg y Schaumburg-Lippe concedieron permiso para el establecimiento de la confederación, otorgando a la unión y sus congregaciones auto-gobierno, pero reservándose el denominado
jura circa sacra. El primer
sínodo de las iglesias reformadas unidas en la Baja Sajonia tuvo lugar en julio de 1703 en Hameln. El gobierno de Hanover estipuló expresamente que el comisario estatal, que había de estar presente en el sínodo, tendría escaño, aunque no voto. Al principio hubo cinco congregaciones francesas y tres alemanas en la confederación. En 1708 se unieron una congregación alemana-holandesa y otra hugonote en Brunswick; en 1711 la congregación alemana reformada de Münden (Hanover) quedó incluida, seguida, en 1753, por la reformada en Gotinga y finalmente, en 1890, por la congregación de Altona. A causa del traslado de los hugonotes a las grandes ciudades, sus congregaciones disminuyeron y quedaron finalmente unidas con las congregaciones alemanas locales. La primera en experimentar este destino fue la congregación en Bückeburg (1755), seguida por las de Celle (1805), Brunswick (1811) y Hanover (1812), mientras que la congregación de Hameln se disolvió totalmente.
Desde 1812 la confederación ha consistido de las congregaciones de Brunswick, Bückeburg, Celle, Hanover, Gotinga y Münden, con Altona desde 1890. En 1824 las congregaciones del reino de Hanover fueron reconocidas con iguales derechos que las iglesias luteranas y con el rango de iglesias estatales. En 1839 se adoptó una nueva agenda para todas las congregaciones de la federación, salvaguardando la independencia de las congregaciones individuales, pero otorgando la última autoridad en asuntos de disciplina y doctrina a un sínodo de toda la confederación. El Estado se adhería al derecho de su poder territorial y las resoluciones del sínodo debían ser confirmadas por el Estado. La elección de un ministro anteriormente requería el consentimiento del gobierno y las leyes de Prusia todavía requerían que fuera comunicado al presidente provincial, quien podía vetar la elección en el plazo de treinta días. Se reconocía el derecho a una apelación de abusu al gobierno en sentencias de sínodos sobre asuntos de disciplina. Los presbiterios y sínodos hicieron un notorio avance en la vida de la Iglesia y de las instituciones educativas, así como en los recursos materiales de las comunidades. Desde el principio la confederación proveyó para viviendas de las familias de sus pastores y posteriormente también de sus maestros. El fondo de las viudas, fundado en 1706, tenía un capital que rondaba los 60.000 marcos para cada congregación. La confederación procuró vivir en paz con los luteranos vecinos. En la agenda de 1711 el sínodo adoptó la resolución de la Conferencia de Charenton (1631), según la cual a los luteranos se les permitía tomar parte en la adoración de la Iglesia reformada sin sacrificar su propia confesión.