Controversia de los
Tres Capítulos es el nombre dado a uno de los más importantes, aunque menos edificantes, episodios en la política eclesiástica de
Justiniano, íntimamente conectado con el movimiento
monofisita. Las condiciones hacían deseable retener a la poderosa facción monofisita para la
Iglesia mediante concesiones, sobre todo si podía hacerse sin abandonar la posición del
concilio de Calcedonia. Para este propósito era aconsejable tomar alguna acción contra las doctrinas de la
escuela de Antioquía, que eran especialmente odiosas a los monofisitas.
Teodoro Ascidas, quien había sido
obispo de
Cesarea en Capadocia desde 537, un celoso origenista, esperó mediante este consejo que el emperador desviara la atención de la
controversia origenista. En 544 (según F. Diekamp, en 543) Justiniano emitió un edicto en el que condenaba los denominados
Tres Capítulos (el término
kephalaia, o capítulo, se usaba para declaraciones formuladas, luego para puntos especiales mencionados en ellas o incluso para personas o escritos referidos directamente por ellos), en este caso esos
Tres Capítulos se referían a: (1) La persona y escritos de
Teodoro de Mopsuestia; (2) los escritos de
Teodoreto de Ciro en defensa de
Nestorio y contra
Cirilo y (3) la carta de
Ibas de
Edesa al persa Mares. Como Teodoro había muerto en paz con la Iglesia mientras que Teodoreto e Ibas habían sido expresamente reconocidos como ortodoxos en Calcedonia, la concesión a los monofisitas contenida en el edicto imperial parecía minar la autoridad del concilio. Sin embargo, había muy poca oposición en la
Iglesia griega. En el oeste la controversia se hizo más violenta, aunque el obispo romano
Vigilio se sometió a los deseos del emperador en una manera que causó gran escándalo. En un
sínodo celebrado en
Constantinopla bajo Vigilio (548), los obispos fueron convencidos para dar veredictos escritos a la condenación de los
Tres Capítulos, haciendo Vigilio lo mismo en su
Judicatum de 11 de abril de 548, insistiendo al mismo tiempo en la autoridad del concilio de Calcedonia. En el oeste la oposición halló un dirigente en el obispo
Facundo de Hermiane y un sínodo africano
excomulgó a Vigilio mientras continuara con su incierta política; pero cuando el emperador por un segundo edicto (
homologia pisteos) presionó el asunto hasta el extremo, se plantó en decisiva oposición y tuvo que buscar
asilo en el santuario de la ira de Justiniano. Rechazó estar presente en el quinto concilio ecuménico (Constantinopla, mayo de 553) que consideró las
herejías de Teodoro y los escritos de Teodoreto e intentó demostrar que solo miembros individuales del concilio de Calcedonia y no el concilio mismo habían aprobado la epístola de Ibas.
El Constitutum de tribus capitulis (14 de mayo de 553) elaborado por Vigilio y firmado por muchos obispos occidentales, que enérgicamente se opuso a la condenación de los Tres Capítulos, no fue aceptado por el emperador, quien puso al corriente al sínodo de los términos en los que Vigilio se había anteriormente comprometido en secreto con la posición del emperador. El 2 de junio de 553 el concilio decidió de acuerdo con los deseos del emperador. La Iglesia griega se sometió sin ganarse a los monofisitas. La resistencia de Vigilio fue pronto quebrada y la oposición de la Iglesia africana fue vencida por los esfuerzos de Primasio de Cartago tras 559. Pero las iglesias del norte de Italia, con Aquileya y Milán a la cabeza, rompieron la comunión con Roma, a causa del reconocimiento del quinto concilio por Vigilio y su sucesor, durando esta separación, bajo las peculiares condiciones de la conquista lombarda, hasta que Gregorio Magno logró ganar a Milán y a Teodolinda, reina de los lombardos, que estaba bajo la influencia del arzobispo, si bien obtuvo esta victoria al precio de ignorar completamente, o virtualmente repudiar, al quinto concilio ecuménico, del cual el oeste ha tomado poca nota. El patriarcado de Aquileya, que como resultado de la conquista lombarda había sido trasladado a Grado, reanudó la comunión con Roma, bajo dominio griego, poco después de la muerte de Gregorio en 604; pero los obispos católicos bajo los reyes lombardos y el duque de Friali establecieron una oposición patriarcal que permaneció separada de Roma hasta finales del siglo VII.